6 Μαΐου 2021 ~ Independent Researchers
Η παρούσα ανάρτηση είναι μία μετάφραση της ομότιτλης δημοσίευσης της επιστημονικής μελέτης των Rossana Segreto και Yuri Deigin. Η Segreto είναι μοριακή βιολόγος και μικροβιολόγος και ερευνήτρια στο Τμήμα Μικροβιολογίας του Πανεπιστημίου του Innsbruck στην Αυστρία. Ο Deigin είναι μαθηματικός ειδικευμένος στην πληροφορική και εργάζεται στο ινστιτούτο γενετικής Youthereum Genetics Inc. του Toronto στον Καναδά.
Παρότι πρόκειται για μία επιστημονική μελέτη με εξειδικευμένο θέμα και αρκετές έννοιες άγνωστες στο ευρύ κοινό, εκτιμούμε πως οι προβληματισμοί που εκτίθενται σε αυτήν σχετικά με τη μη φυσική προέλευση του SARS-CoV-2 έχουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον. Παράλληλα, η μελέτη αυτή είναι μία από τις τεκμηριωμένες απαντήσεις που δόθηκαν στις επιστημονικοφανείς δημοσιεύσεις που έχουν εμφανιστεί το τελευταίο διάστημα, και στις οποίες οι συντάκτες τους προσπαθούν να υποστηρίξουν (με ανεπαρκή – στην καλύτερη περίπτωση – επιχειρήματα) το αφήγημα της φυσικής προέλευσης του SARS-CoV-2. Μία από αυτές είναι αυτή των Andersen et al., στην οποία, στη μελέτη που δημοσιεύουμε, γίνεται η ανάλογη κριτική. Ακολουθεί το κείμενο του άρθρου.
Η γενετική δομή του SARS‐CoV‐2 δεν αποκλείει την εργαστηριακή του προέλευση
Είναι πιθανό η χιμαιρική δομή και η θέσης διάσπασης της φουρίνης στον SARS‐COV‐2 να είναι αποτέλεσμα γενετικού χειρισμού
Δημοσιεύτηκε για πρώτη φορά στις 17 Νοεμβρίου 2020. Η Rossana Segreto και ο Yuri Deigin δεν έλαβαν χρηματοδότηση γι’ αυτήν την μελέτη και συνεισέφεραν εξ’ ίσου στη διενέργεια της.
Σύνοψη
Η προέλευση του κορωνοϊού που προκαλεί το σοβαρό οξύ αναπνευστικό σύνδρομο τύπου 2 (SARS‐CoV‐2) παραμένει αμφιλεγόμενη. Γονιδιωματικές αναλύσεις έχουν δείξει ότι είναι πιθανό ο SARS‐CoV‐2 να είναι ένας χιμαιρικός ιός και ότι οι περισσότερες από τις αλληλουχίες του είναι πολύ κοντά σε αυτές του κορωνοϊού (CoV) των νυχτερίδων RaTG13, ενώ η περιοχή πρόσδεσης υποδοχέα του (RBD) είναι σχεδόν η ίδια με αυτή του κορωνοϊού (CoV) των παγκολίνων. Οι χιμαιρικοί ιοί μπορούν να εμφανιστούν μέσω γενετικού ανασυνδυασμού ή μέσω ανθρώπινης παρέμβασης. Η θέση διάσπασης της φουρίνης στην πρωτεΐνη-ακίδα του SARS‐CoV‐2 που προσδίδει στον ιό την ικανότητα να μεταδίδεται από ένα είδος σε ένα άλλο και να διαπερνά τους ιστικούς φραγμούς, δεν είχε βρεθεί σε κανέναν άλλον κορωνοϊό SARS στο παρελθόν. Είναι πιθανό να έχουν γίνει γενετικοί χειρισμοί (παρεμβάσεις) με σκοπό την μετατροπή των παγκολίνων σε πιθανούς ενδιάμεσους ξενιστές για εκείνους τους κορωνοϊούς (CoV) που προέρχονται από τις νυχτερίδες και που αρχικά δεν ήταν ικανοί να προσδεθούν σε ανθρώπινους υποδοχείς; Τόσο η θέση διάσπασης όσο και η συγκεκριμένη περιοχή πρόσδεσης υποδοχέα (RBD) θα μπορούσαν να προκύψουν από κατευθυνόμενη μεταλλαξιγένεση, μία διαδικασία που δεν αφήνει σημάδια πίσω της. Λαμβάνοντας υπ’ όψιν τις καταστροφικές συνέπειες του SARS‐CoV‐2 και την σημασία της πρόληψης μελλοντικών πανδημιών, οι ερευνητές έχουν την ευθύνη της διενέργειας μιας διεξοδικής ανάλυσης όλων των πιθανών προελεύσεων του SARS‐CoV‐2.
Εισαγωγή
Έχει περάσει σχεδόν ένας χρόνος από το ξέσπασμα του κορωνοϊού που προκαλεί το σοβαρό οξύ αναπνευστικό σύνδρομο τύπου 2 (SARS‐CoV‐2) στην Wuhan της Κίνας, και η προέλευση του είναι ακόμα αμφιλεγόμενη. Παρά τις διεθνείς έρευνες που έχουν διενεργηθεί, δεν έχει εντοπιστεί ακόμα κάποιος φυσικός ξενιστής (του ιού), άμεσος ή έμμεσος. Η υπόθεση ότι η Αγορά Χονδρικής Πώλησης Θαλασσινών Huanan της Wuhan ήταν η πρώτη πηγή (εστία) της μετάδοσης του ιού από τα ζώα στον άνθρωπο, έχει απορριφθεί οριστικά[i]. Τα λίγα δείγματα που συλλέχθηκαν σε αυτήν την αγορά ήταν μόνο από τον SARS‐CoV‐2 που είχε προσαρμοστεί στον άνθρωπο, ενώ δεν βρέθηκαν ίχνη στελεχών του ιού σε κάποιον προηγούμενο ζωικό ξενιστή. Σχεδόν όλες οι επιστημονικές δημοσιεύσεις που έχουν γίνει μέχρι σήμερα[1] ισχυρίζονται ότι ο SARS‐CoV‐2 έχει φυσική προέλευση. Η μοναδική δημοσίευση που θεωρεί πιθανή την εργαστηριακή προέλευση[1] εστιάζει στην κυτταρική ανακαλλιέργεια ως την τεχνική που θα μπορούσε να δικαιολογήσει την ιδιαίτερη ικανότητα προσαρμογής του SARS‐CoV‐2 στα ανθρώπινα κύτταρα. Εδώ περιγράφουμε τα δύο βασικά χαρακτηριστικά του SARS‐CoV‐2:
1. Την παρουσία μίας θέσης διάσπασης της φουρίνης, η οποία λείπει στους υπόλοιπους κορωνοϊούς της ίδιας ομάδας, και
2. Μία περιοχή πρόσδεσης υποδοχέα (RBD) που έχει τελειοποιηθεί για να μπορεί να προσδένεται στα ανθρώπινα κύτταρα, η οποία θα μπορούσε να είναι αποτέλεσμα εργαστηριακών τεχνικών γενετικής χειραγώγησης, όπως η κατευθυνόμενη μεταλλαξιγένεση.
Η σχεδόν ταυτόχρονη απόκτηση από τον SARS‐CoV‐2 αυτών των δύο χαρακτηριστικών είναι λιγότερο πιθανό να είναι φυσική (από εργαστηριακή) ή να έχει προκληθεί μόνο από κυτταρικές ανακαλλιέργειες.
Οι πλησιέστεροι συγγενείς του SARS‐CoV‐2 είναι οι κορωνοϊοί των νυχτερίδων και των παγκολίνων
Οι Zhou et al.[3] από το Ινστιτούτο Ιολογίας της Wuhan (WIV) ήταν οι πρώτοι που αναγνώρισαν και ταύτισαν τον νέο κορωνοϊό (CoV), SARS‐CoV‐2. Οι γονιδιωματικές αλληλουχίες του ιού στα πρώτα κρούσματα είχαν 79% ομοιότητα με τους κορωνοϊούς που προκάλεσαν το σοβαρό οξύ αναπνευστικό σύνδρομο(SARS‐CoV) το 2002–2003, και 96,2% ομοιότητα με αυτές του RaTG13 (MN996532), ενός κορωνοϊού της νυχτερίδας Rhinolophus affinis. Ο RaTG13 είναι αυτήν την στιγμή ο πλησιέστερος φυλογενετικός συγγενής του SARS‐CoV‐2[4]. Όμως, η πλήρης γονιδιωματική του αλληλουχία δεν είχε δημοσιευτεί πριν από το ξέσπασμα της πανδημίας που οφείλεται στον SARS‐CoV‐2, ενώ το πρώτο δείγμα του είχε συλλεχθεί στην επαρχία Wuhan της Κίνας το 2013 από την ίδια ομάδα ερευνητών του Ινστιτούτου Ιολογίας της Wuhan (WIV). Οι Zhou et al.[3] δήλωσαν ότι βρήκαν αναλογίες μεταξύ μιας μικρής περιοχής μιας RNA-εξαρτώμενης RNA πολυμεράσης (RNA-dependent RNA polymerase, RdRP) του SARS‐CoV‐2 και αυτής ενός κορωνοϊού που ήταν καταχωρημένος στη βάση δεδομένων τους. Κατόπιν βρήκαν την πλήρη αλληλουχία του δείγματος που είχαν συλλέξει το 2013, την οποία ονόμασαν RaTG13.
Ανακαλύψαμε ότι η εξαρτώμενη RNA πολυμεράση (RdRp) του RaTG13 έχει 100% ομοιότητα στα νουκλεοτίδια της με την αλληλουχία BtCoV/4991 (KP876546), η οποία αναγνωρίστηκε από τους Ge et al.[5] σε μία νυχτερίδα Rhinolophus affinis στην επαρχία της Wuhan το 2013, στην ίδια τοποθεσία και το ίδιο έτος με τον RaTG13. Η BtCoV/4991 συλλέχθηκε σε ένα ορυχείο το οποίο είχε καταληφθεί από νυχτερίδες, κοντά στην Tongguanzhen, Mojiang, στην επαρχία Yunnan. Οι ερευνητές του WIV προσκλήθηκαν να εξερευνήσουν το ορυχείο το 2012 [iii], αφότου έξι μεταλλωρύχοι είχαν πάθει σοβαρή πνευμονία και τρεις από αυτούς απεβίωσαν.[6] Στους μεταλλωρύχους αυτούς είχε ανατεθεί η εργασία του καθαρισμού των περιττωμάτων των νυχτερίδων μέσα στο ορυχείο, και η σοβαρότητα της πνευμονίας τους συσχετίστηκε με τη διάρκεια της έκθεσης τους στο ορυχείο.[7] Στη συνέχεια, δείγματα έξι μεταλλωρύχων υποβλήθηκαν σε έλεγχο στο WIV, όπου και εντοπίστηκαν σε όλα τα δείγματα αντισώματα ανοσοσφαιρίνης G (IgG) ενάντια στον SARS.[8]
Λαμβάνοντας υπ’ όψιν το γεγονός ότι μόνο γύρω στους 5.300 ανθρώπους μολύνθηκαν στην ηπειρωτική Κίνα κατά τη διάρκεια του ξεσπάσματος του SARS το διάστημα 2002-2004, οι περισσότεροι εκ των οποίων έμεναν στην Guandong, οι πιθανότητες να είχαν διατηρήσει οι τέσσερις μεταλλωρύχοι της Yunnan αντισώματα από το ξέσπασμα του SARS κατά το διάστημα 2002-2004 είναι αμελητέες. Από την άλλη πλευρά, είναι πιθανό οι εξετάσεις αντισωμάτων που έγιναν στους μεταλλωρύχους να είχαν διαντίδραση με έναν νέο ιό νυχτερίδων του είδους του SARS, τον οποίο κόλλησαν οι μεταλλωρύχοι μέσα στο ορυχείο. Οι Ge et al.[5] έχουν ταυτίσει έναν αριθμό κορωνοϊών (CoVs) που βρέθηκαν σε αυτό το ορυχείο, όμως βάσει της φυλογενετικής ανάλυσης, το BtCoV/4991 ήταν το μόνο στέλεχος το οποίο θα μπορούσε να συσχετιστεί με τον SARS, και το οποίο ήταν σαφώς διαχωρισμένο από όλους τους τότε γνωστούς άλφα και βήτα κορωνοϊούς. Επίσης, το BtCoV/4991 ήταν διαφορετικό από τα στελέχη άλλων κορωνοϊών στη φυλογενετική ανάλυση που έγινε από τους Wang et al.[9] το 2019 και οι Chen et al.[10] ταύτισαν το BtCoV/4991 ως αυτό που έχει την πλησιέστερη στον SARS‐CoV‐2 αλληλουχία, επειδή τότε δεν είχε δημοσιευτεί ακόμα η αλληλουχία του RaTG13. Αργότερα βεβαιώθηκε ότι οι BtCoV/4991 και RaTG13 ήταν δύο διαφορετικοί κωδικοί του ίδιου στελέχους, καθώς οι πρώτοι που τους δημοσίευσαν από το WIV κατέγραψαν αυτά τα δύο στελέχη σε μία καταχώρηση στη βάση δεδομένων των ιών που σχετίζονται με νυχτερίδες (DBatVir). [iv]
Στα τέλη του Ιουλίου του 2020, η Zhengli Shi, επικεφαλής των ερευνητών κορωνοϊών του WIV, σε μία συνέντευξη μέσω email[11] επιβεβαίωσε τη μετονομασία του δείγματος του RaTG13 και απροσδόκητα δήλωσε ότι η πλήρης αλληλούχηση του RaTG13 είχε γίνει το 2018 και όχι μετά το ξέσπασμα του SARS‐CoV‐2, όπως είχαν ισχυριστεί οι Zhou et al.[3] Η αλλαγή της στάσης του WIV σχετικά με το πότε ακριβώς είχε αλληλουχηθεί πλήρως ο RaTG13 μπορεί να οφείλεται στην ανακάλυψη που έκαναν ανεξάρτητοι ερευνητές, ερευνώντας την προέλευση του SARS‐CoV‐2, ότι τα ονόματα των αρχείων των αλληλουχιών που είχαν κατατεθεί από το WIV στις 19 Μαΐου 2020 [v], φαίνεται ότι η αλληλούχηση του RaTG13 είχε γίνει το 2017 και το 2018 [vi]. Πάντως, μέχρι σήμερα αυτή δεν έχει δημοσιευτεί, και με βάση αυτά που γνωρίζουμε δεν έχει υποβληθεί επισήμως από τους Zhou et al. [3] κανένα πανόραμα (erratum) με διόρθωση για το έτος της αλληλούχησης και την μετονομασία των δειγμάτων.
Η δεύτερη μη ανθρώπινη αλληλουχία RdRp που είναι πλησιέστερη στο BtCoV/4991 (με 91,89% ομοιότητα νουκλεοτιδίων) είναι η αλληλουχία του CoV MP789 (MT084071) που απομονώθηκε από έναν παγκολίνο της Μαλαισίας (Manis javanica) στην επαρχία Guangdong (GD) της Κίνας.[12] Περιέργως, η πρωτεΐνη E (Envelope=φάκελος) MP789 έχει 100% ομοιότητα αμινοξέων με την αντίστοιχη πρωτεΐνη του RaTG13, του κορωνοϊού της νυχτερίδας SL‐CoVZXC21 (MG772934.1), του κορωνοϊού της νυχτερίδας SL‐CoVZC45 (MG772933.1) και με αυτές μερικών πρώιμων απομονωμάτων του SARS‐CoV‐2 (π.χ. YP_009724392).[13] Η πρωτεΐνη E των κορωνοϊών εμπλέκεται σε κρίσιμα στάδια του κύκλου ζωής του ιών αυτών, όπως η είσοδος (του ιού στα κύτταρα του ξενιστή), η αντιγραφή του και η παθογένεια του.[14]
Οι κορωνοϊοί (CoVs) έχουν μελετηθεί και χειριστεί γενετικώς με διεξοδικό τρόπο
Σε πολλές μελέτες αναφέρεται ότι οι νυχτερίδες είναι φυσικοί ξενιστές για μία ευρεία γκάμα δυνητικά παθογενών κορωνοϊών που ομοιάζουν στους SARS.[15, 16] Είναι πιθανό μερικοί από αυτούς τους ιούς να μπορούν να μολύνουν απευθείας τον άνθρωπο, ενώ κάποιοι άλλοι πρέπει να μεταλλάξουν την πρωτεΐνη-ακίδα τους προκειμένου να προσδεθούν στον υποδοχέα του μετατρεπτικού ενζύμου-2 της αγγειοτενσίνης (hACE-2), το οποίο διαμεσολαβεί την είσοδο του ιού.[18] Προκειμένου να αξιολογήσουν την πιθανότητα εμφάνισης νέων κορωνοϊών, κάποιοι ερευνητές έχουν δημιουργήσει έναν αριθμό χιμαιρικών κορωνοϊών, η βασική δομή των οποίων είναι αυτή των κορωνοϊών που έχουν ξενιστή τις νυχτερίδες και που φυσιολογικά δεν είναι ικανοί να προσβάλλουν τα ανθρώπινα κύτταρα. Η πρωτεΐνη-ακίδα αυτών των ιών αντικαθίσταται από εκείνες των κορωνοϊών που είναι συμβατοί με το ανθρώπινο ένζυμο ACE2. Αυτές οι χίμαιρες δημιουργούνται με σκοπό την προσομοίωση ανασυνδυασμών που θα μπορoύσαν να συμβούν στη φύση.[19, 20] Τέτοια πειράματα δημιουργίας υβριδικών (χιμαιρικών) ιών (πειράματα μεταλλάξεων με αυξημένη λειτουργικότητα, “gain‐of‐function”) έχουν προκαλέσει ανησυχίες για τη βιοασφάλεια, αλλά και διενέξεις τόσο μεταξύ των ερευνητών όσο και μεταξύ του ευρύτερου κοινού. Ένα από τα επιχειρήματα υπέρ της διενέργειας αυτών των πειραμάτων είναι η ανάγκη να είμαστε προετοιμασμένοι για την επόμενη πανδημία με ένα «οπλοστάσιο» φαρμάκων και εμβολίων.[21] Αντιθέτως, ένα από τα κύρια επιχειρήματα εναντίον τους είναι ότι η επόμενη πανδημία θα μπορούσε να προκληθεί από αυτά τα πειράματα, εξ αιτίας του κινδύνου της διαρροής (των ιών) από κάποιο εργαστήριο.[22, 23]
Τα τελευταία χρόνια ο τομέας της ιολογίας, και συγκεκριμένα η μελέτη των κορωνοϊών, έχει επικεντρωθεί στα φάρμακα και στα εμβόλια ενάντια στους κορωνοϊούς, όπως προκύπτει από στοιχεία σχετικά με την έρευνα που διεξάγεται τα τελευταία πέντε χρόνια,[24-27] καθώς και από αναφορές στα media.[vii] Η παρασκευή διάφορων συνθετικών κορωνοϊών που είναι πιθανό να εμφανιστούν στη φύση στο μέλλον ήταν ένας από τους στόχους της EcoHealth Alliance προκειμένου να λάβει κονδύλια, με τα οποία χρηματοδότησε μερικές τέτοιες έρευνες στο Ινστιτούτο Ιολογίας της Wuhan (WIV), σε συνεργασία με κάποια εργαστήρια των ΗΠΑ και άλλους διεθνείς εταίρους. [viii]
Η δημιουργία χιμαιρικών κορωνοϊών με νέες RNA-εξαρτώμενες RNA πολυμεράσες (RdRPs) είναι κάτι που γίνεται εδώ και δεκαετίες
Κάποιοι ερευνητές φτιάχνουν χιμαιρικούς κορωνοϊούς εδώ και πάνω από δύο δεκαετίες, πολύ πριν από την ανακάλυψη των σύγχρονων τεχνικών αλληλούχησης και γενετικής μηχανικής. Για παράδειγμα, το 1999 μία ομάδα του Πανεπιστημίου της Ουτρέχτης χρησιμοποίησε τον στοχευμένο ανασυνδυασμό RNA για να δημιουργήσει έναν επικίνδυνο χιμαιρικό κορωνοϊό: Ανταλλάχθηκαν οι περιοχές πρόσδεσης υποδοχέα (RBDs) ενός αιλουροειδούς και ενός τρωκτικού, αποδεικνύοντας ότι μαζί με αυτήν την ανταλλαγή ανταλλάσσεται επίσης και ο τροπισμός των ειδών σε πειράματα in vitro.[28]
Τo 2007, η ομάδα της Shi από το WIV δημιούργησε μία σειρά από πρωτεΐνες-ακίδες χιμαιρικών κορωνοϊών νυχτερίδων και ανθρώπων (bat-man), ενώ προσπαθούσε να καθορίσει τι ακριβώς είναι αυτό που προσδίδει στους κορωνοϊούς την ικανότητα να περνάνε από το ένα είδος στο άλλο. Οι ερευνητές αυτοί χρησιμοποίησαν διαφορετικά τμήματα της πρωτεΐνης-ακίδας των ιών SARS που προσβάλλουν τον άνθρωπο, για να αντικαταστήσουν αντίστοιχα τμήματα της πρωτεΐνης-ακίδας των ιών που έχουν για ξενιστή τις νυχτερίδες. Συμπέραναν ότι μία σχετικά μικρή περιοχή (aa 310 to 518) της πρωτεΐνης-ακίδας “ήταν απαραίτητη και επαρκής για τη μετατροπή του μορίου Rp3‐S σε huACE2”, [29] δηλαδή για να δώσει στην πρωτεΐνη-ακίδα του κορωνοϊού των νυχτερίδων την καινούργια δυνατότητα να μπορεί να προσδένεται σε έναν ανθρώπινο υποδοχέα ACE2.[30]
Το 2008 η ομάδα του Baric στο Πανεπιστήμιο της Βόρειας Καρολίνας (UNC) πήγε την έρευνα του WIV ένα βήμα παραπέρα: αντί να χρησιμοποιήσει ιούς ανθρώπινης ανοσοεπάρκειας (HIV) ή ψευδο-ιούς με πρωτεΐνες-ακίδες από κορωνοϊούς νυχτερίδων, δημιούργησε έναν ζωντανό χιμαιρικό ιό. Συνεχίζοντας τα πειράματα που έκαναν το 2007 οι συνάδελφοι τους στο WIV, τα μέλη της ομάδας του Baric χρησιμοποίησαν σαν βασικό ιό έναν κορωνοϊό των νυχτερίδων που έχει ομοιότητες με τον SARS, και αντικατέστησαν την RBD του με μία RBD από έναν ιό SARS που προσβάλλει τον άνθρωπο.[30]
Το 2015 οι ομάδες των Shi και Baric ένωσαν τις δυνάμεις τους και δημοσίευσαν ίσως την πιο διάσημη μελέτη ιολογίας πάνω σε πειράματα μετάλλαξης με αυξημένη λειτουργικότητα (“gain‐of‐function”), στην οποία περιγραφόταν η δημιουργία ενός άλλου συνθετικού χιμαιρικού ιού.[19] Αυτή τη φορά η περιοχή πρόσδεσης υποδοχέα (RBD) ενός SARS προσαρμοσμένου στα ποντίκια (SARS‐MA15) αντικαταστάθηκε από την RBD του RsSHC014, ενός στελέχους ιού των νυχτερίδων, το οποίο είχε απομονωθεί από νυχτερίδες το 2011 στη Yunnan από την ομάδα της Shi. Το 2016 η ομάδα του Baric επανέλαβε το πείραμα που είχε κάνει το 2015, χρησιμοποιώντας την ίδια μοριακή δομή του SARS‐MA15 και την RBD από τον Rs3367,[31] έναν στενό συγγενή του RsSHC014, ο οποίος επίσης είχε βρεθεί πιο πριν στη Yunnan από το WIV και είχε μετονομαστεί “WIV1”, αφότου είχε καλλιεργηθεί σε καλλιέργεια ζωντανών κυττάρων.[17]
Ίσως ο μεγαλύτερος αριθμός νέων χιμαιρικών ιών δημιουργημένων εργαστηριακά να έχει περιγραφεί το 2017 σε μία δημοσίευση της ομάδας της Shi από το WIV,[15] στην οποία οι συντάκτες του άρθρου ανέφεραν τη δημιουργία οχτώ χιμαιρικών ιών, έχοντας χρησιμοποιήσει τον WIV1 σαν βασικό ιό και μεταγγίζοντας του διάφορες RBDs από ιούς των νυχτερίδων σαν τον SARS. Οι ιοί αυτοί συλλέχθηκαν σε μία περίοδο πέντε ετών από την ίδια σπηλιά κοντά στην Kunming, στην επαρχία της Yunnan, όπου προηγουμένως η ομάδα της Shi είχε βρει τους Rs3367 και RsSHC014. Μόνο δύο από τους οχτώ ζωντανούς χιμαιρικούς ιούς απομονώθηκαν με επιτυχία. Βρέθηκε ότι αυτά τα δύο στελέχη είχαν την ικανότητα να προσδένονται στον ανθρώπινο υποδοχέα ACE2, όπως επιβεβαιώθηκε από πειράματα σε κύτταρα HeLa που εκφράζουν τον υποδοχέα hACE2 και πειράματα ποσοτικοποίησης RT‐PCR του ιϊκού RNA.
Ο SARS–COV-2 έχει την ίδια περιοχή πρόσδεσης υποδοχέα (RBD) με έναν κορωνοϊό των παγκολίνων
Η πιθανότητα να είναι οι παγκολίνοι ο ενδιάμεσος ξενιστής του SARS‐CoV‐2 είναι το αντικείμενο συζήτησης εδώ και πολύ καιρό. [32-34] Η μεγαλύτερη απόκλιση μεταξύ του SARS‐CoV‐2 και του RaTG13 παρατηρείται στην περιοχή πρόσδεσης υποδοχέα (RBD) της πρωτεΐνης-ακίδας.[4] Παρότι σε γενικές γραμμές η ομοιότητα που έχει με τον SARS‐CoV‐2 το στέλεχος MP789 του ιού των παγκολίνων που απομονώθηκε από παγκολίνους στην επαρχία Guangdong, είναι μικρότερη αυτής που έχει με τον RaTG13, η RBD του είναι σχεδόν η ίδια με αυτήν του SARS‐CoV‐2. Πράγματι, οι κορωνοϊοί των παγκολίνων και ο SARS‐CoV‐2 έχουν τα ίδια αμινοξέα στα πέντε σημαντικά υπολείμματα των περιοχών πρόσδεσης υποδοχέα (RBD), ενώ ο RaTG13 έχει μόνο ένα αμινοξύ κοινό με τον SARS‐CoV‐2.[35] Οι ομοιότητες στην αλληλουχία του ACE2 μεταξύ ανθρώπων και παγκολίνων είναι μεγαλύτερη από αυτήν που υπάρχει μεταξύ ανθρώπων και νυχτερίδων. Όλως περιέργως, η πρωτεΐνη-ακίδα του SARS‐CoV‐2 έχει μεγαλύτερη προβλεπόμενη ικανότητα πρόσδεσης στον υποδοχέα ACE2 του ανθρώπου παρά σε αυτόν των παγκολίνων και των νυχτερίδων.[ix] Πριν από το ξέσπασμα της επιδημίας του SARS‐CoV‐2, οι παγκολίνοι ήταν τα μοναδικά θηλαστικά –εκτός από τις νυχτερίδες- τα οποία είχε τεκμηριωθεί ότι μπορούσαν να μολυνθούν και να μεταφέρουν κορωνοϊούς που σχετίζονται με τον SARS‐CoV‐2.[12] Τα συμβάντα ανασυνδυασμού μεταξύ της περιοχής πρόσδεσης υποδοχέα (RBD) κορωνοϊών των παγκολίνων και της βασικής δομής του RaTG13 θα μπορούσαν να έχουν ως αποτέλεσμα την εμφάνιση του SARS‐CoV‐2 ως ένα χιμαιρικό στέλεχος. Για να συμβεί με φυσικό τρόπο ένας τέτοιος ανασυνδυασμός, οι δύο αυτοί ιοί θα έπρεπε να είχαν προσβάλλει ταυτόχρονα το ίδιο κύτταρο του ίδιου οργανισμού, πράγμα που είναι μάλλον απίθανο, δεδομένης της χαμηλής πυκνότητας του πληθυσμού των παγκολίνων και της σπάνιας παρουσίας κορωνοϊών στους πληθυσμούς τους στη φύση.[x] Επιπλέον, μελέτες πάνω στην πρόσδεση στον υποδοχέα του ανασυσταμένου RaTG13 έδειξαν ότι ο ιός αυτός δεν προσδένεται στο ACE2 των παγκολίνων.[xi]
Η θέση διάσπασης της φουρίνης: Η κρίσιμη διαφορά μεταξύ του SARS‐CοV‐2 και του πλησιέστερου συγγενή του, του RATG13
Ο SARS‐CoV‐2 διαφέρει από τον πλησιέστερο συγγενή του, τον RaTG13, σε μία σειρά βασικών χαρακτηριστικών. Η πιο εντυπωσιακή διαφορά είναι ότι η πρωτεΐνη-ακίδα του SARS‐CoV‐2 έχει αποκτήσει μία θέση διάσπασης που ενεργοποιείται από ένα ένζυμο των κυττάρων του ξενιστή, τη φουρίνη, και που δεν είχε αναγνωριστεί στο παρελθόν σε άλλους β-κορωνοϊούς[36] παρόμοιους με τους κορωνοϊούς που προκαλούν το αναπνευστικό σύνδρομο της Μέσης Ανατολής (MERS).[35] Η επεξεργασία της πρωτεάσης του ξενιστή παίζει καθοριστικό ρόλο ως εμπόδιο των ιστών, και ο σχεδιασμός των θέσεων διάσπασης της πρωτεΐνης-ακίδας του κορωνοϊού έχει τροποποιήσει τον τροπισμό και τη λοιμογόνο ικανότητα του ιού.[37] Η ευρεία έκφραση της φουρίνης σε διαφορετικά όργανα και ιστούς έχει προσδώσει στον SARS‐CoV‐2 την ικανότητα να προσβάλλει (μολύνει) όργανα που συνήθως είναι απρόσβλητα σε άλλους κορωνοϊούς, με αποτέλεσμα την εσωτερική (συστηματική) λοίμωξη του (ανθρώπινου) σώματος.[38] Ο SARS-CoV-2 που έχει προκύψει από κυτταροκαλλιέργειες και που δεν είχε την προαναφερθείσα θέση διάσπασης, προκάλεσε πολλά συμπτώματα σε ινδικά χοιρίδια που μολύνθηκαν από αυτόν.[39] Μελέτες πάνω στη μεταλλαξιγένεση επιβεβαιώνουν ότι η πολυβασική θέση της φουρίνης είναι θεμελιώδης για την ικανότητα του SARS‐CoV‐2 να προσβάλλει (μολύνει) τα κύτταρα των ανθρώπινων πνευμόνων.[40]
Η πολυβασική θέση της φουρίνης στον SARS‐CoV‐2 δημιουργήθηκε από ένα ένθετο 12 νουκλεοτιδίων με αλληλουχία TCCTCGGCGGGC, που κωδικοποιεί μία αλληλουχία αμινοξέων PRRA στην ένωση S1/S2 (εικόνα 1). Περιέργως, οι δύο συνδεδεμένες αργινίνες κωδικοποιούνται από δύο κωδικόνια με αλληλουχία CGGCGG, τα οποία σπανίως απαντώνται σε αυτούς τους ιούς: Mόνο το 5% των αργινινών κωδικοποιούνται από CGG στον SARS‐CoV‐2 και στον RaTG13, ενώ το CGGCGG στο καινούργιο ένθετο αποτελεί το μόνο παράδειγμα τέτοιου διπλού κωδικονίου στον SARS‐CoV‐2. Το ένθετο CGGCGG περιλαμβάνει μία θέση δράσης των περιοριστικών ενζύμωνFauI, της οποίας έχουμε έξι παραδείγματα στον SARS‐CoV‐2 και τέσσερα στον RaTG13 (και δύο στον MP789). Η απρόσμενη αυτή τοποθεσία της θέσης FauI θα μπορούσε να επιτρέψει τη χρήση τεχνικών μήκους θραύσματος πολυμερισμού (RFLP) [41] για κλωνοποίηση[42] ή για έλεγχο μεταλλάξεων[43], καθώς η νέα θέση της φουρίνης είναι επιρρεπής σε (κατάλληλη για) διαγραφές in vitro (σε δοκιμαστικό σωλήνα).[39, 44]
Eικόνα 1. Αλληλουχία νουκλεοτιδίων της πρωτεΐνης S στο σημείο ένωσης S1/S2, στον SARS‐CoV‐2 (NC045512.2), η οποία δείχνει τη θέση διάσπασης της φουρίνης (με μπλε χρώμα) η οποία περιλαμβάνει μία θέση δράσεως των περιοριστικών ενζύμωνFauI.( Open in figure viewer, PowerPoint ).
Σε μία μελέτη των Zhou et al.[45] αναφέρεται η ανακάλυψη ενός νέου στελέχους RmYN02 κορωνοϊού, στο οποίο οι συντάκτες του άρθρου ισχυρίζονται ότι παρουσιάζει φυσικής προέλευσης ενθέματα αμινοξέων ΡΑΑ στη θέση διάσπασης S1/S2, στην οποία ο SARS‐CoV‐2 έχει το ένθεμα PRRA. Ωστόσο, μία προσεκτικότερη εξέταση της υποκείμενης αλληλουχίας νουκλεοτιδίων του RmYN02, σε σύγκριση με τους πλησιέστερους προγόνους του, τους ιούς των νυχτερίδων bat‐SL‐CoVZC45 και SL‐CoVZXC21, δείχνει ότι δεν φαίνονται ενθέματα, παρά μόνο μεταλλαγές (μεταλλάξεις) νουκλεοτιδίων (εικόνα 2).
Εικόνα 2. Ευθυγράμμιση αλληλουχιών νουκλεοτιδίων και αμινοξέων της πρωτεΐνης S στη θέση ένωσης S1/S2, των ιών των νυχτερίδων SL‐CoVZC45 (MG772933.1) και RmYN02. Δεν φαίνονται ενθέματα νουκλεοτιδίων στη θέση διάσπασης της φουρίνης (με μπλε χρώμα). ( Open in figure viewer, PowerPoint )
Επομένως, ο SARS‐CoV‐2 συνεχίζει να είναι μοναδικός (ξεχωριστός) μεταξύ των συγγενικών του β-κορωνοϊών, όχι μόνο λόγω της πολυβασικής θέσης φουρίνης στην ένωση S1/S2, αλλά επίσης λόγω του ενθέματος PRRA των τεσσάρων αμινοξέων. Στους MP789 και RaTG13 το ένθεμα προκαλεί μία διάσπαση για τη σερίνη (TCA) στο αρχικό κωδικόνιο. Στον SARS‐CoV‐2 υπάρχει ένα νέο κωδικόνιο για τη σερίνη (TCT) και ένα μέρος του αμινοξέους αλανίνη (GCA) (Εικόνα 3).
Εικόνα 3. Ευθυγράμμιση αλληλουχιών νουκλεοτιδίων και αμινοξέων της πρωτεΐνης S στη θέση S1/S2, από τους RaTG13 (MN996532), MP789 (MT084071) και SARS‐CoV‐2 (NC045512.2). Τα κοινά νουκλεοτίδια και αμινοξέα εμφανίζονται με μαύρο χρώμα, τα μοναδικά νουκλεοτίδια και αμινοξέα του SARS‐CoV‐2 με κόκκινο χρώμα, τα μοναδικά νουκλεοτίδια και αμινοξέα του RaTG13 με πράσινο χρώμα, και τα κοινά νουκλεοτίδια και αμινοξέα των SARS‐CoV‐2 και RaTG13, τα οποία είναι διαφορετικά στον MP789, με μπλε χρώμα. Το κωδικόνιο για τη σερίνη (TCA) των RaTG13 και MP789, στον SARS‐CoV‐2 είναι χωρισμένο και δίνει μέρος ενός νέου κωδικονίου για τη σερίνη (TCT) και μέρος του αμινοξέους αλανίνη (GCA). ( Open in figure viewer, PowerPoint ).
Κριτική στο “H εγγύς προέλευση του SARS–CoV-2”
Λόγω του ευρέως φάσματος ερευνών που έχουν γίνει τα τελευταία 20 χρόνια στους κορωνοϊούς SARS των νυχτερίδων – το οποίο δικαιολογείται από τη δυνατότητα τους να μεταφέρονται από τα ζώα στον άνθρωπο[48]-, δεν μπορεί να αποκλειστεί η πιθανή συνθετική προέλευση του SARS‐CoV‐2 μέσω της τεχνητής εργαστηριακής παρασκευής του. Στο ευρέως αναφερόμενο άρθρο των Andersen et al.[2] δηλώνεται ότι το πιο πιθανό είναι ο SARS‐CoV‐2 να έχει φυσική προέλευση. Το βασικό επιχείρημα των συντακτών του άρθρου είναι ότι η πολύ καλή πρόσδεση της πρωτεΐνης-ακίδας στο hACE2 (μετατρεπτικό ένζυμο αγγειοτενσίνης) δεν θα μπορούσε να έχει προβλεφθεί από μοντέλα που βασίζονται στην περιοχή πρόσδεσης υποδοχέα (RBD) κορωνοϊών SARS. Βάσει της δομικής ανάλυσης των Wan et al.,[49] ο SARS‐CoV‐2 έχει τη δυνατότητα να αναγνωρίζει το hACE2 πιο αποτελεσματικά από τον SARS‐CoV, ο οποίος εμφανίστηκε το 2002. Επιπλέον, η δημιουργία χιμαιρικών στελεχών κορωνοϊών έχει αποδείξει πρόσφατα ότι οι ακίδες των κορωνοϊών των νυχτερίδων μπορούν να προσδεθούν στον υποδοχέα hACE2 με μεγαλύτερη πλαστικότητα (ευελιξία) από αυτήν που είχε προβλεφθεί στο παρελθόν.[15] Όλα τα αμινοξέα της RBD έχουν αναλυθεί διεξοδικά και πια είναι διαθέσιμα νέα μοντέλα πρόβλεψης της χημικής συγγένειας του ACE2.[50] Εν προκειμένω, ο κορωνοϊός των νυχτερίδων Rs3367 (με 99.9% ποσοστό συγγένειας με τον WIV1) έχει ίδια τέσσερα από τα έξι κρίσιμα υπολείμματα στην RBD. Δεδομένου ότι έχει αποδειχτεί ότι ο WIV1 προσδένεται απ’ ευθείας στο hACE2, εύκολα θα μπορούσε να γίνει η ίδια υπόθεση για την RBD του SARS-CoV-2.[51]
Όπως περιγράφηκε πιο πριν, τα τελευταία χρόνια η δημιουργία χιμαιρικών ιών γίνεται με σκοπό τη μελέτη της πιθανής παθογονικότητας των κορωνοϊών των νυχτερίδων για τον άνθρωπο. Σε αυτό το πλαίσιο, ο SARS‐CoV‐2 θα μπορούσε να έχει συντεθεί με τεχνητό τρόπο, συνδυάζοντας μία βασική δομή σαν κι αυτήν του RaTG13 με την RBD κορωνοϊών σαν κι αυτόν που πρόσφατα απομονώθηκε από τους παγκολίνους[12], επειδή οι τελευταίοι χαρακτηρίζονται από μεγαλύτερη συγγένεια με τον υποδοχέα hACE2. Ο στόχος τέτοιων ερευνών θα μπορούσε να είναι η ταυτοποίηση των παγκολίνων ως πιθανοί ενδιάμεσοι ξενιστές για τους δυνητικά παθογόνους για τον άνθρωπο κορωνοϊούς των νυχτερίδων. Η επακόλουθη κυτταρική ανακαλλιέργεια, όπως έχει περιγραφεί από τους Sirotkin & Sirotkin[1], θα μπορούσε να έχει δημιουργήσει την τέλεια προσαρμογή της RBD στο hACE2.
Σχετικά με τη θέση διάσπασης της φουρίνης, οι Andersen et al.[2] αναφέρουν ότι “οι επιπτώσεις στη δομή της πολυβασικής θέσης διάσπασης στον SARS‐CoV‐2 είναι άγνωστες”. Νέες μελέτες που έχουν γίνει από διάφορες επιστημονικές ομάδες έχουν ταυτίσει αυτή τη θέση ενεργοποίησης ως αυτή που πιθανώς προσδίδει στον ιό την ικανότητα να διαδίδεται αποτελεσματικά μέσα στον ανθρώπινο πληθυσμό και να προσβάλλει πολλά όργανα του ανθρώπινου σώματος.[52] Πρόσφατα, κάποια πειράματα πάνω στην πρωτεολυτική διάσπαση της πρωτεΐνης-ακίδας των κορωνοϊών έχουν υποδειχθεί ως εκείνες οι θεμελιώδεις μελέτες οι οποίες στο μέλλον θα μπορούσαν να μας βοηθήσουν να κατανοήσουμε την ικανότητα διάδοσης του ιού σε διαφορετικούς ξενιστές.[50]
Βασιζόμενοι σε μία εργασία των Almazan et al.[53], οι Andersen et al.[2] ανέφεραν επίσης ότι “αναμφίβολα τα γενετικά δεδομένα δείχνουν ότι ο SARS‐CoV‐2 δεν προέρχεται από καμία μοριακή δομή ιού που έχει χρησιμοποιηθεί στο παρελθόν”. Τα τελευταία έξι χρόνια πριν από το ξέσπασμα της πανδημίας του SARS‐CoV‐2, ο αριθμός των πιθανών ιών των νυχτερίδων έχει αναμφίβολα αυξηθεί στις αναλύσεις που έχουν γίνει σε βασικές μοριακές δομές αυτών των ιών, φέρνοντας τον Ιανουάριο του 2020 στο επίκεντρο του επιστημονικού ενδιαφέροντος τον RaTG13. Εκκρεμεί η δημοσίευση μερικών μοριακών δομών κάποιων άλλων ιών.
Οι Andersen et al.[2] ισχυρίζονται ότι “η απόκτηση τόσο του πολυβασικού σημείου διάσπασης όσο και των Ο-γλυκανών συνηγορεί επίσης ενάντια στα σενάρια της εργαστηριακής προέλευσης”. Οι Cheng et al.[54] αναφέρουν μεθόδους ένθεσης ενός πολυβασικού σημείου διάσπασης σε μολυσματικούς κορωνοϊούς βρογχίτιδας, οι οποίες κατέληξαν σε αύξηση της παθογονικότητας. Όσο αφορά στις προβλεπόμενες 0-γλυκάνες γύρω από το νεοεισαχθέν πολυβασικό σημείο, πρέπει να σημειωθεί ότι η πρόβλεψη αυτή δεν επιβεβαιώθηκε από έρευνες που έγιναν στην γλυκοπρωτεΐνη-ακίδα του SARS‐CoV‐2 με μικροσκόπιο Cryo‐EM.[55] Πάντως, ενώ είναι αλήθεια ότι είναι πιο πιθανό οι Ο-γλυκάνες να έχουν προέρθει με ανοσολογική επιλογή, θα μπορούσαν να προστεθούν στο εργαστήριο μέσω στοχευμένης μεταλλαξιγένεσης στο σημείο (διάσπασης) [56] ή θα μπορούσαν να προκύψουν κατά την πορεία πειραμάτων in vivo σε ποντίκια BLT-L που έχουν μεταμοσχευμένους ανθρώπινους πνεύμονες και αυτόλογο ανθρώπινο ανοσοποιητικό σύστημα[57] ή σε ποντίκια που εκφράζουν τον υποδοχέα hACE2.[31] Προκειμένου να ξεπεραστούν προβλήματα απομόνωσης των κορωνοϊών των νυχτερίδων, έχουν γίνει πειράματα που βασίστηκαν σε άμεσο εμβολιασμό των ιών αυτών σε θηλάζοντα ποντίκια.[58] Εξανθρωπισμένα ποντίκια, οικόσιτα κουνάβια, πρωτεύοντα θηλαστικά ή/και άλλα ζώα με παρόμοια δομή (διάταξη) ACE2 θα μπορούσαν να έχουν χρησιμοποιηθεί για πειράματα κυτταρικής ανακαλλιέργειας, όπως περιγράφουν λεπτομερώς οι Sirotkin and Sirotkin.[1]
Οι Andersen et al.[2] αναφέρουν επίσης ότι “η επακόλουθη δημιουργία μίας πολυβασικής θέσης διάσπασης θα μπορούσε να έχει σαν προϋπόθεση επαναλαμβανόμενες κυτταροκαλλιέργειες ή ζώα με υποδοχείς ACE2 παρόμοιους με αυτούς του ανθρώπου. Όμως δεν έχει περιγραφεί στο παρελθόν κάποια τέτοια εργασία”. Δεν θα πρέπει να αποκλειστεί το ενδεχόμενο τέτοια πειράματα να είχαν γίνει στο παρελθόν και να διακόπηκαν εξ’ αιτίας του ξεσπάσματος της πανδημίας του SARS‐CoV‐2 πριν από την δημοσίευση των αποτελεσμάτων τους, ή ποτέ να μην υπήρξε η πρόθεση να δημοσιευτούν τα αποτελέσματα τους.
Είναι σημαντικό να αναφερθεί ότι πρόσφατα αμφισβητήθηκαν ως προς την ακρίβεια των δεδομένων τους [xii] οι αλληλουχίες του RaTG13 και κορωνοϊών παγκολίνων που ήταν προϊόν λαθρεμπορίου και κατασχέθηκαν στην επαρχία GD τον Μάρτιο του 2019, και στους οποίους αναφέρονται οι περισσότερες από τις δημοσιευμένες εργασίες που υποστηρίζουν την φυσική προέλευση του SARS‐CoV‐2.[2] Απαιτείται περαιτέρω έρευνα για να αποδειχθεί η ορθότητα των εργασιών αυτών [xiii ,xiv]. Θα πρέπει επίσης να σημειωθεί ότι τα πειράματα in vitro πάνω στην πρόσδεση στον υποδοχέα ανασυνδυασμένων RaTG13 έδωσαν μερικά περίεργα αποτελέσματα.[xi] Η πιο αναπάντεχη παρατήρηση ήταν ότι, αντίθετα με τον SARS‐CoV‐2, ο RaTG13 δεν είναι ικανός να προσδεθεί στο ACE2 των νυχτερίδων R. Macrotis, οι οποίες έχουν στενή συγγένεια με έναν φερόμενο ως ξενιστή του RaTG13, τις (νυχτερίδες)R. affinis[59] (των οποίων ο υποδοχέας του ACE2 δεν έχει ακόμα εξεταστεί). Την ίδια στιγμή, έχει παρατηρηθεί ότι ο RaTG13 μπορεί να προσδεθεί στο hACE2[60], όμως όχι τόσο καλά όσο στο ACE2 των ποντικών και των αρουραίων, στο οποίο ο SARS‐CoV‐2 δεν μπορεί να προσδεθεί καθόλου. Είναι πιθανό ο RaTG13 να είναι στην πραγματικότητα μία προσαρμοσμένη στα ποντίκια εκδοχή ενός κορωνοϊού που συλλέχθηκε στη σπηλιά Mojiang, παρά ένα στέλεχος που συλλέχθηκε από περιττώματα νυχτερίδων (όπως ακριβώς ο SARS‐MA15 ήταν ένα στέλεχος του SARS προσαρμοσμένο στα ποντίκια); Δυστυχώς τα δείγματα του RaTG13 έχουν εξαντληθεί και δεν είναι πια διαθέσιμα για εξέταση από άλλους (εξωτερικούς) ερευνητές,[11] μιας και στα ανεπεξέργαστα δεδομένα των αλληλουχιών του υπάρχουν αρκετές αστοχίες. Επίσης, η κατάσταση και η διαθεσιμότητα των δειγμάτων που ελήφθησαν από μεταλλωρύχους του Mojiang παραμένει ένα ανοιχτό και πολύ σοβαρό ζήτημα. Έχουν συλλεχθεί διάφορα δείγματα από τους μεταλλωρύχους[7, 8] και πιθανώς να έχουν αποθηκευτεί. Θα είχε μεγάλη αξία η εξέταση τους για αν διαπιστωθεί σε αυτά η παρουσία κορωνοϊών σαν τον SARS‐CoV‐2.
Ένα άλλο ανοιχτό ζήτημα είναι ο λόγος για τον οποίον έγινε η τροποποίηση και η επακόλουθη διαγραφή της βάσης δεδομένων του Ινστιτούτου Ιολογίας της Wuhan (WIV). Τον Μάιο του 2020, διάφορα μέσα μαζικής ενημέρωσης ανέφεραν ότι το σύστημα εντοπισμού της εσωτερικής βάσης δεδομένων του WIV έδειξε ότι είχε γίνει μία αλλαγή σε αυτήν και ότι η βάση δεδομένων είχε μετονομαστεί από “Βάση δεδομένων ιικών παθογόνων της άγριας πανίδας” σε “Βάση δεδομένων ιικών παθογόνων νυχτερίδων και τρωκτικών”, και ότι η περιγραφή της είχε αλλάξει σε κάποια σημεία, στα οποία ο όρος “άγρια πανίδα” είχε αντικατασταθεί από τον όρο “νυχτερίδες και τρωκτικά”. Επιπλέον, είχε διαγραφεί ο όρος “αρθρόποδοι φορείς” [xv]. Στην περιγραφή της βάσης δεδομένων αναφερόταν ότι περιείχε 60Mb δεδομένων σε μορφή (format) δομημένης γλώσσας ερωτημάτων (SQL), αλλά από τις αρχές Μάιου του 2020 ο σύνδεσμος της λήψης αρχείων (download link) είχε τεθεί εκτός λειτουργίας [xvi]. Συνεπώς, ολόκληρη η ιστοσελίδα της βάσης δεδομένων δεν ήταν σε λειτουργία, όμως το στιγμιότυπο οθόνης της (snapshot) είναι ακόμα διαθέσιμο στο ηλεκτρονικό αρχείο [xvii]. Είναι πιθανό κάποια διεθνή εργαστήρια που μελετούν τους κορωνοϊούς να είχαν προλάβει να «κατεβάσουν» το αρχείο SQL της βάσης δεδομένων πριν αυτό διαγραφεί. Σε αυτήν την περίπτωση τα εργαστήρια αυτά οφείλουν να δημοσιεύσουν αυτά τα δεδομένα.
Πώς θα μπορούσε ο ιός να έχει διαρρεύσει από ένα εργαστήριο;
Η διαρροή παθογόνων υψηλού κινδύνου από εργαστήρια δεν είναι ένα σπάνιο συμβάν. Τέτοια περιστατικά έχουν καταγραφεί σε διάφορες χώρες. Η πιο αξιοσημείωτη διαρροή από εργαστήριο είναι αυτή του ιού Η1Ν1 το 1977 στην Κίνα, η οποία προκάλεσε μία παγκόσμια πανδημία.[61] Η πιο πρόσφατη είναι αυτή του Νοεμβρίου του 2019 σε δύο ερευνητικά κέντρα της Lanzhou στην Κίνα, η οποία προκάλεσε το ξέσπασμα μιας επιδημίας βρουκέλλωσης (μελιταίου πυρετού), προσβάλλοντας πάνω από 100 φοιτητές και μέλη του προσωπικού.[62] Επίσης, έχουν αναφερθεί αρκετές εργαστηριακές διαρροές του πρώτου SARS: το καλοκαίρι του 2003 στη Σιγκαπούρη,[63] τον Δεκέμβριο του 2003 στην Ταϊβάν[xviii] και την άνοιξη του 2004 δύο φορές στην Κίνα. [xix]
Ανησυχίες για την ασφάλεια του εργαστηρίου του Ινστιτούτου Ιολογίας της Wuhan (WIV) εκφράστηκαν το 2018 από αξιωματούχους της πρεσβείας των ΗΠΑ στην Κίνα, όταν αυτοί επισκέφτηκαν το εργαστήριο και συναντήθηκαν με την Zhengli Shi. Οι ελεγκτές του εργαστηρίου συνόψισαν τις ανησυχίες τους σε διπλωματικά έγγραφα που έστειλαν στην Washington.[xx] Επίσης, και Κινέζοι ειδικοί εξέφρασαν ανησυχίες σχετικά με την ασφάλεια των εργαστηρίων στη χώρα τους, λέγοντας με θλίψη ότι “τα σκουπίδια των εργαστηρίων μπορούν να περιέχουν ιούς, βακτήρια ή μικρόβια που έχουν συντεθεί εργαστηριακώς” και ότι “μετά το τέλος των πειραμάτων μερικοί ερευνητές ρίχνουν εργαστηριακό υλικό στον υπόνομο, χωρίς να υπάρχει κάποιος συγκεκριμένος μηχανισμός βιολογικής διάθεσης (αποβλήτων)”.[xxi]
Αλλά και τα αμερικανικά εργαστήρια αντιμετωπίζουν θέματα ασφάλειας. Πρόσφατα, τον Αύγουστο του 2019, κάποιες έρευνες που διεξάγονταν στο Ιατρικό Ερευνητικό Ινστιτούτο Μεταδοτικών Νοσημάτων του Στρατού των ΗΠΑ (USAMRIID) στο Fort Detrick, το οποίο έχει επίπεδο βιοασφάλειας (BSL) 4, διεκόπησαν ύστερα από παραβιάσεις των κανόνων ασφαλείας, συγκεκριμένα, παραβιάσεις των κανόνων διάθεσης μολυσματικών υλικών.[xxii] Επίσης, έχει αναφερθεί ότι και άλλα εργαστήρια στις ΗΠΑ έχουν παραβιάσει τους κανόνες ασφαλείας.[22]
Μπορούν να γίνουν υποθέσεις για μία σειρά σεναρίων σχετικά με τη διαρροή του SARS‐CoV‐2 από κάποιο εργαστήριο. Για παράδειγμα, κάποιο μολυσμένο ζώο θα μπορούσε να έχει βγει από ένα εργαστήριο ή να έχει γρατζουνίσει ή δαγκώσει κάποιον εργαζόμενο (μία ανησυχία που εκφράστηκε το 2017 σχετικά με την ίδρυση μίας εγκατάστασης επιπέδου ασφαλείας BSL‐4 για δοκιμές εμβολίων σε θηλαστικά, στην πόλη Kunning της επαρχίας Yunnan στην Κίνα [64]), ή κάποιος ερευνητής θα μπορούσε κατά λάθος να τρυπηθεί με τη βελόνα ενός εμβολίου (όπως συνέβη σε δύο περιπτώσεις στη Ρωσία [xxiii] ). Μέχρι το 2020 οι κορωνοϊοί δεν θεωρούνταν ιδιαίτερα θανατηφόροι ή μολυσματικοί. Η έρευνα σε κορωνοϊούς σαν τον SARS δεν απαιτούσε επίπεδο ασφάλειας BSL‐4. Μπορούσε να διεξάγεται σε εργαστήρια με επίπεδο ασφάλειας BSL‐2 and BSL‐3[42] , αυξάνοντας τις πιθανότητες να συμβεί μία ακούσια διαρροή. Επίσης, πειράματα σε κορωνοϊούς σε αερολύματα θα μπορούσαν να έχουν διαρροές, επειδή μία αστοχία στη χρήση του εξοπλισμού θα μπορούσε να περάσει απαρατήρητη για μεγάλο χρονικό διάστημα πριν διαπιστωθεί η μόλυνση των εργαζομένων στο εργαστήριο. Τέλος, είναι πιθανό ο ιός να διαρρεύσει μέσω του αποχετευτικού συστήματος, αν δεν ακολουθηθούν οι διαδικασίες της σωστής διάθεσης αποβλήτων ή/και οι διαδικασίες απολύμανσης.
Συμπεράσματα και προοπτικές
Από την ανάλυση μας προκύπτει ότι η τεχνητή προέλευση του SARS‐CoV‐2 δεν είναι μία αβάσιμη θεωρία συνωμοσίας που πρέπει να καταδικαστεί.[66] Οι ερευνητές έχουν την ευθύνη να εξετάσουν όλες τις πιθανές αιτίες της εμφάνισης του SARS‐CoV‐2. Η εισαγωγή RBD κορωνοϊού των παγκολίνων, προσαρμοσμένου στον άνθρωπο, η οποία αποκτάται από κυτταρική ανακαλλιέργεια, και η θέση διάσπασης της φουρίνης, θα μπορούσαν να έχουν προκύψει από πειράματα κατευθυνόμενης μεταλλαξιγένεσης, σε ένα πλαίσιο διενέργειας μελετών πάνω στην εξέλιξη των ιών ή στην ανάπτυξη εμβολίων ή φαρμάκων για τους κορωνοϊούς. Ένα πρόσφατο άρθρο στο Nature[67] επιβεβαιώνει ότι δεν μπορεί να αποκλειστεί η εργαστηριακή προέλευση του SARS‐CoV‐2, όταν κάποιοι ερευνητές μολύνθηκαν τυχαία, και ότι τα πειράματα μετάλλαξης με αυξημένη λειτουργικότητα (“gain‐of‐function”) που κατέληξαν στον SARS‐CoV‐2 θα μπορούσαν να έχουν γίνει στο Ινστιτούτο Ιολογίας της Wuhan (WIV). Ο γενετικός χειρισμός του SARS‐CoV‐2 θα μπορούσε να έχει γίνει σε οποιοδήποτε εργαστήριο του κόσμου με πρόσβαση στην αλληλουχία της μοριακής δομής (του ιού) και με τον κατάλληλο εξοπλισμό, και δεν θα άφηνε κανένα ίχνος πίσω του. Οι σύγχρονες τεχνολογίες που βασίζονται σε συνθετικές γενετικές πλατφόρμες επιτρέπουν την αναδημιουργία ιών από τη γονιδιωματική τους αλληλουχία, χωρίς να απαιτείται κάποιο φυσικό απομόνωμα.[68]
Πρέπει να γίνει επειγόντως μία διεξοδική μελέτη των στελεχών και των αρχείων ερευνών όλων των εργαστηρίων που έχουν εμπλακεί σε έρευνα πάνω στους κορωνοϊούς πριν από την εμφάνιση του SARS‐CoV‐2. Πρέπει να δοθεί ιδιαίτερη προσοχή σε στελέχη κορωνοϊών που δημιουργήθηκαν σε εργαστήρια ιολογίας αλλά δεν έχουν ακόμα δημοσιευτεί, όπως εκείνα που πιθανώς περιγράφονταν στη διαγραμμένη βάση δεδομένων του WIV. Επειδή η ανακάλυψη ενός πιθανού φυσικού ξενιστή θα μπορούσε να πάρει χρόνια, όπως έγινε στην περίπτωση του πρώτου SARS,[67] ή θα μπορούσε να αποτύχει, θα πρέπει να δοθεί η ίδια προτεραιότητα στην διερεύνηση τόσο της φυσικής όσο και της εργαστηριακής προέλευσης του SARS‐CoV‐2.
Πρόσφατα, ο Xiao Qiang, ερευνητής στο Berkeley, δήλωσε: “Η κατανόηση του πώς ακριβώς δημιουργήθηκε ο ιός είναι μια θεμελιώδης γνώση για να μπορέσουμε να αποτρέψουμε να γίνει το ίδιο στο μέλλον”. [xxi]
Ευχαριστίες
Είμαστε ιδιαίτερα ευγνώμονες στον καθηγητή Allan Krill (NTNU) για τις διορθώσεις που έκανε στο κείμενο, για όλα τα πολύτιμα σχόλια και για το ότι αντιμετώπισε με ανοιχτό μυαλό όλες τις επίμαχες υποθέσεις, στον καθηγητή Heribert Insam (επικεφαλής του Τμήματος Μικροβιολογίας του Πανεπιστημίου του Innsbruck) για την υποστήριξη του, και στον Δρ. Lawrence Sellin, για όλες τις χρήσιμες πληροφορίες που μας έδωσε. Ιδιαίτερες ευχαριστίες στον Δρ. Castro‐Chavez (πρώην μεταδιδακτορικό φοιτητή στην Ιατρική Σχολή της Νέας Υόρκης) για τη βοήθεια του σχετικά με το Research Gate. Είμαστε ιδιαίτερα ευγνώμονες στον René Bergelt, ο οποίος ανακάλυψε τη βάση δεδομένων που επιβεβαιώνει το εύρημα μας ότι οι BtCoV4991 και RaTG13 αντιστοιχούν στο ίδιο δείγμα. Τέλος, είμαστε πάρα πολύ ευγνώμονες στα μέλη της ομάδας D.R.A.S.T.I.C στο Twitter ( Αποκεντρωμένη Ριζοσπαστική Αυτόνομη Ερευνητική Ομάδα που Μελετά την COVID‐19), για την εργασία τους που αποκάλυψε πολλά γεγονότα για τον SARS‐CoV‐2 και τα στελέχη του που δεν είχαν δημοσιευτεί στο παρελθόν. Είμαστε ιδιαίτερα ευγνώμονες στον Luigi Warren για τη συνεχή και διεξοδική έρευνα του σχετικά με την πιθανή σύνδεση του ξεσπάσματος της επιδημίας πνευμονίας το 2012 στην Mojiang με το WIV και τον SARS-CoV-2, στον @TheSeeker268, ο οποίος βρήκε στα Κινεζικά την μεταπτυχιακή μελέτη που είχε κάνει ο Xu το 2013, καθώς και τη διδακτορική μελέτη που έκανε ο Huang το 2016, οι οποίες επιβεβαίωσαν ότι το αίτιο της επιδημίας πνευμονίας το 2012 στην Mojiang ήταν ο ιός που έμοιαζε με τον SARS, και αποσαφήνισαν το ρόλο του WIV στη διερεύνηση των αιτίων της επιδημίας αυτής [xxiv], συμπεριλαμβανομένης της συλλογής στελεχών του 4991/RaTG13 από το ορυχείο της Mojiang, καθώς και στον Francisco de Asis de Ribera Martin που μας έδωσε την μετάφραση στα Αγγλικά των δύο αυτών μελετών και που ανακάλυψε τις ημερομηνίες για τα αμπλικόνια (ενισχυόνια) του RaTG13.
Σύγκρουση συμφερόντων
Η Rossana Segreto και ο Yuri Deigin δεν έχουν καμία σύγκρουση συμφερόντων.
Παραπομπές
1. Sirotkin, K., & Sirotkin, D. (2020). Might SARS‐CoV‐2 have arisen via serial passage through an animal host or cell culture? A potential explanation for much of the novel coronavirus’ distinctive genome. BioEssays, 42, 1‐7. https://doi.org/10.1002/bies.202000091
Wiley Online Library Web of Science®Google Scholar
2. Andersen, K. G., Rambaut, A., Lipkin, W. I., Holmes, E. C., & Garry, R. F. (2020). The proximal origin of SARS‐CoV‐2. Nat. Med., 26, 450‐452. https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
3. Zhou, P., Yang, X. L., Wang, X. G., Hu, B., Zhang, L., Zhang, W., … Shi, Z. L. (2020). A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature, 579, 270‐273. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
4. Cagliani, R., Forni, D., Clerici, M., & Sironi, M. (2020). Computational inference of selection underlying the evolution of the novel coronavirus, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. J. Virol., 94, 1‐11. https://doi.org/10.1128/jvi.00411-20
Crossref Web of Science®Google Scholar
5. Ge, X. Y., Wang, N., Zhang, W., Hu, B., Li, B., Zhang, Y. Z., … Shi, Z. L. (2016). Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft. Virol. Sin., 31, 31‐40. https://doi.org/10.1007/s12250-016-3713-9
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
6. Wu, Z., Yang, L., Yang, F., Ren, X., Jiang, J., Dong, J., … Jin, Q. (2014). Novel henipa‐like virus, mojiang paramyxovirus, in rats, China, 2012. Emerg. Infect. Dis., 20, 1064‐1066. https://doi.org/10.3201/eid2006.131022
Crossref PubMed Web of Science®Google Scholar
7. Xu, L. (2013). The analysis of 6 patients with severe pneumonia caused by unknown viruses (Master’s Thesis). Kunming Medical University, Emergency Medicine (professional degree). http://eng.oversea.cnki.net/Kcms/detail/detail.aspx?filename=1013327523.nh&dbcode=CMFD&dbname=CMFD2014
8. Huang, C. (2016). Novel virus discovery in bat and the exploration of receptor of bat coronavirus HKU9 (PhD Thesis). Chinese Center for Disease Control and Prevention. http://eng.oversea.cnki.net/kcms/detail/detail.aspx?dbcode=CDFD&dbname=CDFDLAST2018&filename=1017118517.nh
9. Wang, N., Luo, C., Liu, H., Yang, X., Hu, B., Zhang, W., … Shi, Z. (2019). Characterization of a new member of alphacoronavirus with unique genomic features in Rhinolophus bats. Viruses, 11(4), 379. https://doi.org/10.3390/v11040379
10. Chen, L., Liu, W., Zhang, Q., Xu, K., Ye, G., Wu, W., … Liu, Y. (2020). RNA based mNGS approach identifies a novel human coronavirus from two individual pneumonia cases in 2019 Wuhan outbreak. Emerg. Microbes Infect., 9, 313‐319. https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1725399
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
11. Cohen, J. (2020). Wuhan coronavirus hunter Shi Zhengli speaks out. Science, 369, 487‐488. https://doi.org/10.1126/science.369.6503.487
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
12. Liu, P., Chen, W., & Chen, J. P. (2019). Viral metagenomics revealed sendai virus and coronavirus infection of malayan pangolins (Manis javanica). Viruses, 11(11), 979. https://doi.org/10.3390/v11110979
13. Bianchi, M., Benvenuto, D., Giovanetti, M., Angeletti, S., Ciccozzi, M., & Pascarella, S. (2020). Sars‐CoV‐2 envelope and membrane proteins: Structural differences linked to virus characteristics? Biomed. Res. Int., 2020. https://doi.org/10.1155/2020/4389089
Crossref Web of Science®Google Scholar
14. Schoeman, D., & Fielding, B. C. (2019). Coronavirus envelope protein: Current knowledge. Virol. J., 16, 1‐22. https://doi.org/10.1186/s12985-019-1182-0
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
15. Hu, B., Zeng, L. P., Yang, X. Lou, Ge, X. Y., Zhang, W., Li, B., … Shi, Z. L. (2017). Discovery of a rich gene pool of bat SARS‐related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus. PLoS Pathog., 13, 1‐27. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1006698
Crossref CAS Web of Science®Google Scholar
16. Fan, Y., Zhao, K., Shi, Z. L., & Zhou, P. (2019). Bat coronaviruses in China. Viruses, 11(3), 210‐. https://doi.org/10.3390/v11030210
17. Ge, X. Y., Li, J. L., Yang, X. Lou, Chmura, A. A., Zhu, G., Epstein, J. H., … Shi, Z. L. (2013). Isolation and characterization of a bat SARS‐like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature, 503, 535‐538. https://doi.org/10.1038/nature12711
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
18. Graham, R. L., & Baric, R. S. (2010). Recombination, reservoirs, and the modular spike: Mechanisms of coronavirus cross‐species transmission. J. Virol., 84, 3134‐3146. https://doi.org/10.1128/jvi.01394-09
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
19. Menachery, V. D., Yount, B. L., Debbink, K., Agnihothram, S., Gralinski, L. E., Plante, J. A., … Baric, R. S. (2015). A SARS‐like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence. Nat. Med., 21, 1508‐1513. https://doi.org/10.1038/nm.3985
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
20. Johnson, B. A., Graham, R. L., & Menachery, V. D. (2018). Viral metagenomics, protein structure, and reverse genetics: Key strategies for investigating coronaviruses. Virology, 517, 30‐37. https://doi.org/10.1016/j.virol.2017.12.009
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
21. Racaniello, V. (2016). Moving beyond metagenomics to find the next pandemic virus. PNAS, 113, 2812‐2814. https://doi.org/10.1073/pnas.1601512113.
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
22. Weiss, S., Yitzhaki, S., & Shapira, S. C. (2015). Lessons to be learned from recent biosafety incidents in the United States. Isr. Med. Assoc. J., 17, 269‐273. https://doi.org/10.1073/pnas.1601512113
PubMed Web of Science®Google Scholar
23. Casadevall, A., & Imperiale, M. J. (2014). Risks and benefits of gain‐of‐function experiments with pathogens of pandemic potential, such as influenza virus: A call for a science‐based discussion. MBio, 5, 1‐5. https://doi.org/10.1128/mBio.01730-14
Crossref Web of Science®Google Scholar
24. Agostini, M. L., Andres, E. L., Sims, A. C., Graham, R. L., Sheahan, T. P., Lu, X., … Denison, M. R. (2018). Coronavirus susceptibility to the antiviral remdesivir (GS‐5734) is mediated by the viral polymerase and the proofreading exoribonuclease. MBio, 9, 1‐15. https://doi.org/10.1128/mBio.00221-18
Crossref Web of Science®Google Scholar
25. Xia, S., Liu, M., Wang, C., Xu, W., Lan, Q., Feng, S., … Lu, L. (2020). Inhibition of SARS‐CoV‐2 (previously 2019‐nCoV) infection by a highly potent pan‐coronavirus fusion inhibitor targeting its spike protein that harbors a high capacity to mediate membrane fusion. Cell Res., 30, 343‐355. https://doi.org/10.1038/s41422-020-0305-x
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
26. Totura, A. L., & Bavari, S. (2019). Broad‐spectrum coronavirus antiviral drug discovery. Expert Opin. Drug Discov., 14, 397‐412. https://doi.org/10.1080/17460441.2019.1581171
Crossref PubMed Web of Science®Google Scholar
27. Wang, Y., Sun, Y., Wu, A., Xu, S., Pan, R., Zeng, C., … Guo, D. (2015). Coronavirus nsp10/nsp16 Methyltransferase can be targeted by nsp10‐derived peptide in vitro and in vivo to reduce replication and pathogenesis. J. Virol., 89, 8416‐8427. https://doi.org/10.1128/jvi.00948-15
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
28. Kuo, L., Godeke, G. J., Raamsman, M. J. B., Masters, P. S., & Rottier, P. J. M. (2000). Retargeting of coronavirus by substitution of the spike glycoprotein ectodomain: Crossing the host cell species barrier. J. Virol., 74, 1393‐1406. https://doi.org/10.1128/jvi.74.3.1393-1406.2000
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
29. Maier, H. J., Bickerton, E., & Britton, P. (2015). Coronaviruses – Methods and protocols. London: Humana Press.
30. Becker, M. M., Graham, R. L., Donaldson, E. F., Rockx, B., Sims, A. C., Sheahan, T., … Denison, M. R. (2008). Synthetic recombinant bat SARS‐like coronavirus is infectious in cultured cells and in mice. PNAS, 105, 19944‐19949. https://doi.org/10.1073/pnas.0808116105
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
31. Menachery, V. D., Yount, B. L., Sims, A. C., Debbink, K., Agnihothram, S. S., Gralinski, L. E., … Baric, R. S. (2016). SARS‐like WIV1‐CoV poised for human emergence. PNAS, 113, 3048‐3053. https://doi.org/10.1073/pnas.1517719113
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
32. Li, X., Zai, J., Zhao, Q., Nie, Q., Li, Y., Foley, B. T., & Chaillon, A. (2020). Evolutionary history, potential intermediate animal host, and cross‐species analyses of SARS‐CoV‐2. J. Med. Virol., 92, 602‐611. https://doi.org/10.1002/jmv.25731
Wiley Online Library CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
33. Lam, T. T. Y., Jia, N., Zhang, Y. W., Shum, M. H. H., Jiang, J. F., Zhu, H. C., … Cao, W. C. (2020). Identifying SARS‐CoV‐2‐related coronaviruses in Malayan pangolins. Nature, 583, 282‐285. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2169-0
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
34. Xiao, K., Zhai, J., Feng, Y., Zhou, N., Zhang, X., Zou, J. J., … Shen, Y. (2020). Isolation of SARS‐CoV‐2‐related coronavirus from Malayan pangolins. Nature, 583, 286‐289. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2313-x
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
35. Zhang, T., Wu, Q., & Zhang, Z. (2020). Probable pangolin origin of SARS‐CoV‐2 associated with the COVID‐19 outbreak. Curr. Biol., 30, 1346‐1351.E2. https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.03.022
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
36. Coutard, B., Valle, C., de Lamballerie, X., Canard, B., Seidah, N. G., & Decroly, E. (2020). The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019‐nCoV contains a furin‐ like cleavage site absent in CoV of the same clade. Antivir. Res., 176, 104742. https://doi.org/10.1016/j.antiviral.2020.104742
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
37. Letko, M., Marzi, A., & Munster, V. (2020). Functional assessment of cell entry and receptor usage for SARS‐CoV‐2 and other lineage B betacoronaviruses. Nat. Microbiol., 5, 562‐569. https://doi.org/10.1038/s41564-020-0688-y
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
38. Wang, Q., Qiu, Y., Li, J. Y., Zhou, Z. J., Liao, C. H., & Ge, X. Y. (2020). A unique protease cleavage site predicted in the spike protein of the novel pneumonia coronavirus (2019‐nCoV) potentially related to viral transmissibility. Virol. Sin., 35, 337‐339. https://doi.org/10.1007/s12250-020-00212-7
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
39. Lau, S., Wang, P., Mok, B. W., Zhang, A. J., Chu, H., Lee, A. C., … Chen, H. (2020). Attenuated SARS‐CoV‐2 variants with deletions at the S1 / S2 junction. Emerg. Microbes Infect., 9, 837‐842. https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1756700
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
40. Hoffmann, M., & Kleine‐Weber, H. (2020). A multibasic cleavage site in the spike protein of SARS‐CoV‐2 is essential for infection of human lung cells. Mol. Cell., 78, 779‐784.E5. https://doi.org/10.1016/j.molcel.2020.04.022
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
41. Kaundun, S. S., Marchegiani, E., Hutchings, S. J., & Baker, K. (2019). Derived polymorphic amplified cleaved sequence (dPACS): A novel PCR‐RFLP procedure for detecting known single nucleotide and deletion – insertion polymorphisms. Int. J. Mol. Sci., 20(13), 3193. https://doi.org/10.3390/ijms20133193
Crossref CAS Web of Science®Google Scholar
42. Zeng, L. P., Gao, Y. T., Ge, X. Y., Zhang, Q., Peng, C., Yang, X. L., … Shi, Z. L. (2016). Bat severe acute respiratory syndrome‐like coronavirus WIV1 encodes an extra accessory protein, ORFX, involved in modulation. J. Virol., 90, 6573‐6582. https://doi.org/10.1128/JVI.03079-15
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
43. Khan, S. G., Muniz‐Medina, V., Shahlavi, T., Baker, C. C., Inui, H., Ueda, T., … Kraemer, K. H. (2002). The human XPC DNA repair gene: Arrangement, splice site information content and influence of a single nucleotide polymorphism in a splice acceptor site on alternative splicing and function. Nucleic Acids Res., 30, 3624‐3631. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC134237/.
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
44. Liu, Z., Zheng, H., Lin, H., Li, M., Yuan, R., Peng, J., … Lu, J. (2020). Identification of common deletions in the spike protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. J. Virol., 94, e00790‐20. https://doi.org/10.1128/JVI.00790-20
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
45. Zhou, H., Chen, X., Hu, T., Li, J., Song, H., Liu, Y., … Shi, W. (2020). A Novel bat coronavirus closely related to SARS‐CoV‐2 contains natural insertions at the S1/S2 cleavage site of the spike protein. Curr. Biol., 30, 2196‐2203.E3. https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.05.023
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
46. Steinhauer, D. A. (1999). Role of hemagglutinin cleavage for the pathogenicity of influenza virus. Virology, 258, 1‐20. https://doi.org/10.1006/viro.1999.9716
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
47. Seyran, M., Pizzol, D., Adadi, P., El‐Aziz, T. M. A., Hassan, S. S., Soares, A., … Brufsky, A. M. (2020). Questions concerning the proximal origin of SARS‐CoV‐2. J. Med. Virol., 03. https://doi.org/10.1002/jmv.26478
PubMed Web of Science®Google Scholar
48. Wang, L. F., & Anderson, D. E. (2019). Viruses in bats and potential spillover to animals and humans. Curr. Opin. Virol., 34, 79‐89. https://doi.org/10.1016/j.coviro.2018.12.007
Crossref PubMed Web of Science®Google Scholar
49. Wan, Y., Shang, J., Graham, R., Baric, R. S., & Li, F. (2020). Receptor recognition by the novel coronavirus from Wuhan: An analysis based on decade‐long structural studies of SARS coronavirus. J. Virol., 94(7), 1‐9. https://doi.org/10.1128/jvi.00127-20
Crossref Web of Science®Google Scholar
50. Cui, J., Li, F., & Shi, Z. L. (2019). Origin and evolution of pathogenic coronaviruses. Nat. Rev. Microbiol., 17, 181‐192. https://doi.org/10.1038/s41579-018-0118-9
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
51. Fraguas Bringas, C., & Booth, D. (2020). Identification of a SARS‐like bat coronavirus that shares structural features with the spike glycoprotein receptor‐binding domain of SARS‐CoV‐2. Access Microbiol., 10‐17. https://doi.org/10.1099/acmi.0.000166.
52. Mallapati, S. (2020). Why does the coronavirus spread so easily between people? Nature, 579, 183. https://www.nature.com/articles/d41586-020-00660-x.
53. Almazán, F., Sola, I., Zuñiga, S., Marquez‐Jurado, S., Morales, L., Becares, M., & Enjuanes, L. (2014). Coronavirus reverse genetic systems: Infectious clones and replicons. Virus Res., 189, 262‐270. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2014.05.026
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
54. Cheng, J., Zhao, Y., Xu, G., Zhang, K., Jia, W., Sun, Y., … Zhang, G. (2019). The S2 subunit of QX‐type infectious bronchitis coronavirus spike protein is an essential determinant of neurotropism. Viruses, 11(10), 972. https://doi.org/10.3390/v11100972
55. Wrapp, D., Wang, N., Corbett, K. S., Goldsmith, J. A., Hsieh, C. L., Abiona, O., … McLellan, J. S. (2020). Cryo‐EM structure of the 2019‐nCoV spike in the prefusion conformation. Science, 367, 1260‐1263. https://doi.org/10.1126/science.abb2507
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
56. Du, L., Tai, W., Yang, Y., Zhao, G., Zhu, Q., Sun, S., … Li, F. (2016). Introduction of neutralizing immunogenicity index to the rational design of MERS coronavirus subunit vaccines. Nat. Commun., 7, 1‐9. https://doi.org/10.1038/ncomms13473
Crossref Web of Science®Google Scholar
57. Wahl, A., De, C., Abad Fernandez, M., Lenarcic, E. M., Xu, Y., Cockrell, A. S., … Garcia, J. V. (2019). Precision mouse models with expanded tropism for human pathogens. Nat. Biotechnol., 37, 1163‐1173. https://doi.org/10.1038/s41587-019-0225-9
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
58. Hu, D., Zhu, C., Ai, L., He, T., Wang, Y., Ye, F., … Wang, C. (2018). Genomic characterization and infectivity of a novel SARS‐like coronavirus in Chinese bats. Emerg. Microbes Infect., 7, 1‐10. https://doi.org/10.1038/s41426-018-0155-5
Crossref PubMed Web of Science®Google Scholar
59. Hron, T., Farkašová, H., Gifford, R. J., Benda, P., Hulva, P., Görföl, T., … Elleder, D. (2018). Remnants of an ancient deltaretrovirus in the genomes of horseshoe bats (Rhinolophidae). Viruses, 10(4), 185‐. https://doi.org/10.3390/v10040185
60. Shang, J., Ye, G., Shi, K., Wan, Y., Luo, C., Aihara, H., … Li, F. (2020). Structural basis of receptor recognition by SARS‐CoV‐2. Nature, 581, 221‐224. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2179-y
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
61. Wertheim, J. O. (2010). The re‐emergence of H1N1 influenza virus in 1977: A cautionary tale for estimating divergence times using biologically unrealistic sampling dates. PLoS ONE, 5, 2‐5. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0011184
Crossref Web of Science®Google Scholar
62. Cyranoski, D. (2019). Chinese institutes investigate pathogen outbreaks in lab workers. Nature, https://www.nature.com/articles/d41586-019-03863-z
63. Lim, P. L., Kurup, A., Gopalakrishna, G., Chan, K. P., Wong, C. W., & Leo, Y. S. (2004). Laboratory‐acquired severe acute respiratory syndrome. N. Engl. J. Med., 350, 1740‐1745. https://doi.org/10.1056/NEJMoa032565
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
64. Cyranoski D. (2017). Inside the Chinese lab poised to study world’s most dangerous pathogens. Nature, 542, 399‐401 https://doi.org/10.1038/nature.2017.21487
Crossref CAS PubMed Web of Science®Google Scholar
65. Totura, A., Livingston, V., Frick, O., Dyer, D., Nichols, D., & Nalca, A. (2020). Small particle aerosol exposure of African Green Monkeys to MERS‐CoV as a model for highly pathogenic coronavirus infection. Emerg. Infect. Dis., 26. https://doi.org/10.3201/eid2612.201664.
Crossref Web of Science®Google Scholar
66. Calisher, C., Carroll, D., Colwell, R., Corley, R. B., Daszak, P., Drosten, C., … Turner, M. (2019). Statement in support of the scientists, public health professionals, and medical professionals of China combatting COVID‐19. The Lancet, 395, E42‐E43. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30418-9
Crossref PubMed Web of Science®Google Scholar
67. Cyranoski, D. (2020). The biggest mystery: What it will take to trace the coronavirus source. Nature, https://doi.org/10.1038/d41586-020-01541-z.
68. Thao, T. T. N., Labroussaa, F., Ebert, N., V’kovski, P., Stalder, H., Portmann, J., … Thiel, V. (2020). Rapid reconstruction of SARS‐CoV‐2 using a synthetic genomics platform. Nature, 582, 561‐565. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2294-9
i. Areddy, J. T. (2020). China rules out animal market and lab as coronavirus origin. The Wall Street Journal. https://www.wsj.com/articles/china-rules-out-animal-market-and-lab-as-coronavirus-origin-11590517508 (last accessed on Oct 15, 2020).
ii. Zhan, S. H., Deverman, B. E., Chan, Y. A. (2020). SARS‐CoV‐2 is well adapted for humans. What does this mean for re‐emergence? BioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.05.01.073262 (last accessed on Oct 15, 2020).
iii. Qiu, J. (2020). How China’s ‘Bat Woman’ hunted down viruses from SARS to the new coronavirus. Sci. Am. https://www.scientificamerican.com/article/how-chinas-bat-woman-hunted-down-viruses-from-sars-to-the-new-coronavirus1/ (last accessed on Oct 15, 2020).
iv. DBatVir – The Database of Bat‐Associated Viruses. http://www.mgc.ac.cn/cgi-bin/DBatVir/main.cgi?func=accession&acc=MN996532 (last accessed on Oct 15, 2020).
v. SRX8357956: amplicon sequences of RaTG13. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRX8357956 (last accessed on Oct 15, 2020).
vi. Anon. (2020). Names of the RaTG13 amplicon sequences. https://web.archive.org/web/20200918174030/https://graph.org/RaTG13‐Amplicon‐Names‐07‐03(last accessed on Oct 15, 2020).
vii. Kahn, J. (2020). How scientists could stop the next pandemic before it starts. NYT Magazine. https://www.nytimes.com/2020/04/21/magazine/pandemic-vaccine.html (last accessed on Oct 15, 2020).
viii. Project Number 2R01AI110964‐06, ECOHEALTH ALLIANCE, INC., https://projectreporter.nih.gov/project_info_description.cfm?aid=9819304&icde=49645421&ddparam=&ddvalue=&ddsub=&cr=1&csb=default&cs=ASC&pball= (last accessed on Oct 15, 2020).
ix. Piplani, S., Singh, P. K., Winkler, D. A., Petrovsky, N. (2020). In silico comparison of spike protein‐ACE2 binding affinities across species; significance for the possible origin of the SARS‐CoV‐2 virus.arXiv. http://arxiv.org/abs/2005.06199 (last accessed on Oct 15, 2020).
x. Lee, J., Hughes, T., Lee, M.‐H., Field, H., Rovie‐Ryan, J. J., Sitam, F. T., … Daszak, P. (2020). No evidence of coronaviruses or other potentially zoonotic viruses in Sunda pangolins (Manis javanica) entering the wildlife trade via Malaysia. BioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.06.19.158717 (last accessed on Oct 15, 2020).
xi. Mou, H., Quinlan, B. D., Peng, H., Guo, Y., Peng, S., Zhang, L., … Farzan, M. (2020). Mutations from bat ACE2 orthologs markedly enhance ACE2‐Fc neutralization of SARS‐CoV‐2. BioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.06.29.178459 (last accessed on Oct 15, 2020).
xii. Zhang, D. (2020). Anomalies in BatCoV/RaTG13 sequencing and provenance. Zenodo. https://zenodo.org/record/3969272 (last accessed on Oct 15, 2020).
xiii. Singla, M., Ahmad, S., Gupta, C., Sethi, T. (2020). De novo assembly of RaTG13 genome reveals inconsistencies further obscuring SARS‐CoV‐2 origins. Preprints. https://doi.org/10.20944/preprints202008.0595.v1 (last accessed on Oct 12, 2020).
xiv. Chan, Y. A., Zhan, S. H. (2020). Single source of pangolin CoVs with a near identical spike RBD to SARS‐CoV‐2. BioRxiv. https://doi.org/10.1101/2020.07.07.184374 (last accessed on Oct 15, 2020).
xv. Devine, M. (2020). What is China covering up about the coronavirus? NYT Magazine. https://nypost.com/2020/05/06/what-is-china-covering-up-about-the-coronavirus-devine/ (last accessed on Oct 12, 2020).
xvi. https://twitter.com/ydeigin/status/1259891518468427776 (last accessed on Oct 15, 2020).
xvii. Bat and rodent‐borne viral pathogen database. https://web.archive.org/web/20200529174243/http://csdata.org/p/308/ (last accessed on Oct 15, 2020).
xviii. Reuters (2003). SARS case confirmed in Taiwan. Wired. https://www.wired.com/2003/12/sars-case-confirmed-in-taiwan/ (last accessed on Oct 13, 2020).
xix. Walgate, R. (2004). SARS escaped Beijing lab twice. The Scientist Magazine. https://www.the-scientist.com/news-analysis/sars-escaped-beijing-lab-twice-50137 (last accessed on Oct 15, 2020).
xx. Rogin, J. (2020). State Department cables warned of safety issues at Wuhan lab studying bat coronaviruses. The Washington Post. https://www.washingtonpost.com/opinions/2020/04/14/state-department-cables-warned-safety-issues-wuhan-lab-studying-bat-coronaviruses/ (last accessed on Oct 15, 2020).
xxi. Caiyu, L., Shumei, L. (2020). Biosafety guideline issued to fix chronic management loopholes at virus labs. Global Times. https://www.globaltimes.cn/content/1179747.shtml (last accessed on Oct 15, 2020).
xxii. Grady, D. (2020). Deadly germ research is shut down at army lab over safety concerns. NYT Magazine. https://www.nytimes.com/2019/08/05/health/germs-fort-detrick-biohazard.html (last accessed on Oct 15, 2020).
xxiii. Miller, J. (2004). Russian scientist dies in Ebola accident at former weapons Lab. NYT Magazine. https://www.nytimes.com/2004/05/25/world/russian-scientist-dies-in-ebola-accident-at-former-weapons-lab.html (last accessed on Oct 15, 2020).
xxiv. https://twitter.com/ydeigin/status/1262686286898397189 (last accessed on Oct 15, 2020).
ANTICOVID -2020 